تعود بدايات نادي مسيمير الرياضي إلى عام 1996، عندما تأسس كفريق لكرة القدم تحت مسمى نادي النهضة الرياضي، وكان مقره آنذاك في منطقة المعمورة بمدينة الدوحة.

وفي عام 1998، تم إشهار النادي رسميًا وتشكيل جمعية عمومية تأسيسية من أبناء المنطقة وانتخاب مجلس الإدارة، كما تم خلال تلك الفترة تغيير مسماه من نادي النهضة الرياضي إلى نادي الشعلة الرياضي.

وشهد عام 2000 محطة مهمة في مسيرة النادي، بافتتاح مقره الرسمي في منطقة مسيمير تحت إشراف اللجنة الأولمبية، حيث ضم عددًا من المرافق الرياضية والإدارية وملعبًا لكرة القدم. وعمل النادي منذ ذلك الحين على استقطاب أبناء المنطقة وتكوين قاعدة من اللاعبين بمختلف الفئات السنية، بداية من البراعم وصولًا إلى الفريق الأول.

وفي عام 2004، تم تغيير مسمى النادي إلى نادي مسيمير الرياضي، نسبة إلى المنطقة التي يقع فيها مقره.

وحقق الفريق محطة بارزة في تاريخه عندما نجح في الصعود والمشاركة للمرة الأولى في دوري نجوم قطر خلال موسم 2015-2016، ليضيف إنجازًا مهمًا إلى مسيرته ويواصل حضوره ضمن منظومة كرة القدم القطرية.